La Parroquia Puerto Murialdo cuenta con dos ríos navegables, el río Napo y Suno, que son aprovechados de transporte fluvial para actividades de turismo y productos agrícolas. Las canoas a motor fuera de borda son las más comunes para transportarlos productos de la zona y personas, mientras los botes se utilizan para transporte rápido.

Además, dentro del territorio existen también ríos pequeños, riachuelos y quebradas que atraviesan por los asentamientos humanos y que desembocan al rio grande como es el Napo y Suno, a la vez este segundo tiene afluencia en el rio Napo, las que tienen por el territorio de la parroquia. Estos ríos son contaminados por la gran cantidad de descargas de desechos sólidos de forma directa de las ciudades de
Loreto para el caso de rio Suno y Napo de las ciudades de río arriba y recepción de aguas servidas de asentamientos humanos.